Расшифрован геном орхидеи Apostasia shenzhenica
Международная группа исследователей секвенировала геном орхидеи Apostasia shenzhenica. В статье, опубликованной в журнале Nature, команда описала использованный подход и полученные результаты.
Орхидеи составляют около 10% всех видов цветковых растений и заселили почти все среды обитания на Земле. Их способность к миграции и адаптации давно интересует учёных. В новой работе исследователи сосредоточились на Apostasia shenzhenica — орхидее из юго-восточного Китая с зелёными листьями и жёлтыми цветами. Изучение её генома помогает понять эволюционные механизмы адаптации.
Методы и результаты
- Для сборки генома использовали 10x genomics scaffolding в сочетании с коротко- и длинночтённым секвенированием.
- Полученные данные сравнили с геномами других орхидей с использованием транскриптомных данных, чтобы выделить общие и уникальные геномные участки.
Ключевые выводы
- Геном A. shenzhenica подтвердил её принадлежность к семейству орхидных: значительные его части являются практически копиями геномов других орхидей.
- Этот вид отделился от других орхидей миллионы лет назад, близко к моменту их первоначального возникновения.
- Орхидеи пережили период массового вымирания, после которого дифференцировались и эволюционировали в пять подсемейств. Вероятно, в этот период сформировались характерные черты, например, известная «губа».
- A. shenzhenica — перспективный объект для дальнейших исследований. Её изучение может дать эволюционные clues о причинах появления у орхидей поллиниев (масс пыльцы) и более лёгких семян по сравнению с другими растениями, а также объяснить эпифитный образ жизни (использование других растений для опоры).