Расшифрован геном азиатской груши
Международный консорциум из семи университетов и институтов, включая Университет Иллинойса, впервые завершил секвенирование генома азиатской груши.
"Наша роль в команде заключалась в разработке стратегии секвенирования, анализе данных, понимании некоторых биологических процессов и написании рукописи", — сказал молекулярный генетик растений из Университета Иллинойса Шуйлер Корбан, чья лаборатория ранее участвовала в консорциуме по секвенированию генома земляники.
"В итоге мы получили сборку, которая на 97,1% точна, в отличие от 50 или 60%", — отметил Корбан. "Каждый растительный геном уникален, но технологии секвенирования улучшились, мы учли опыт предыдущих стратегий, и стоимость определенно намного ниже, чем когда секвенирование геномов только начиналось".
Проект был инициирован, когда профессор Цзюнь У из Нанкинского сельскохозяйственного университета (Китай) провела год в лаборатории Корбана, изучая грушу с использованием маркеров яблони Университета Иллинойса.
"Университет Иллинойса подписал Меморандум о взаимопонимании с Нанкинским университетом, и когда У сказала, что ее университет заинтересован в секвенировании генома груши, это стало отличной основой для сотрудничества".
Китай является крупнейшим в мире производителем груши. "Груша фактически возникла в Китае 65 миллионов лет назад", — сказал Корбан. "Это центр происхождения груши, как и большинства фруктов. Китай богат генетическими ресурсами (germplasm)".
Корбан пояснил, что существует две основные разновидности груши: европейская и азиатская. Секвенирование проводилось на азиатской груше, но, по словам Корбана, для ее иллюстрации иногда использовались фотографии европейской груши, что вносило путаницу.
"Азиатская груша совсем не похожа на европейскую, такую как Бартлетт", — сказал Корбан.
Европейская груша имеет более знакомую грушевидную форму, а азиатская — круглый плод, похожий на желтое яблоко, который в магазинах США часто рекламируют как "яблочную грушу".
"Азиатская груша — самый важный коммерческий сорт в Китае", — сказал Корбан. "Она слаще, имеет высокий уровень антиоксидантов и полезна, как яблоко, но в ней больше одревесневших клеток, поэтому при укусе чувствуется зернистость, что означает более высокое содержание клетчатки. Она также более устойчива к болезням, включая бактериальный ожог, к которому восприимчива европейская груша".
В проекте также участвовали Рэй Минг из Департамента биологии растений Университета Иллинойса и два постдокторанта Корбана — Даньмань Чжэн и Аваис Хан.
Аваис Хан, научный сотрудник постдокторантуры в лаборатории Корбана, активно участвовал в координации групп и разработке стратегий секвенирования, сборки и анкеровки генома.
"Знание генома груши значительно облегчит сравнительные геномные исследования для идентификации генов, представляющих интерес для потребителей и производителей, в семействе Rosaceae", — сказал Хан. "В конечном итоге это приведет к быстрому улучшению этих фруктов по признакам устойчивости к болезням и качества плодов".