Расшифрован полный геном азиатского гигантского шершня

Учёные из Службы сельскохозяйственных исследований США (ARS) впервые расшифровали полный геном азиатского гигантского шершня (Vespa mandarinia). Геном был оперативно размещён в открытом доступе в базах данных AgDataCommons и Национального центра биотехнологической информации (NCBI) ещё до публикации научной статьи, чтобы ускорить доступ исследователей к данным.

Цель — оперативно предоставить научному сообществу геномную информацию при обнаружении инвазивного вида для координации эффективных мер борьбы.

• О виде: Азиатские гигантские шершни — самые крупные осы в мире (длина 3.8–5 см). Их естественный ареал — от северной Индии до Восточной Азии.
• Угроза: С конца лета до начала осени они атакуют колонии медоносных пчёл, что вызывает серьёзную озабоченность пчеловодов.
• Новые очаги: Вид был обнаружен в западной части штата Вашингтон (США), а также на острове Ванкувер и в Лэнгли (Канада).

Как секвенировали геном:

Работа началась в мае 2020 года совместно с компанией Pacific Biosciences. Полный геном был собран из ДНК, выделенной из грудной клетки одной особи из колонии, найденной в сентябре 2019 года в городе Нанаймо на острове Ванкувер. Использование новой платформы Sequel II с технологией HiFi позволило быстро и точно получить генетическую информацию из минимального образца и завершить работу всего за два месяца.

Значение исследования:

• Определение происхождения: Референсный геном поможет установить, происходят ли новые находки шершней в Северной Америке из уже известной колонии или являются результатом новых заносов из Азии.
• Биологическая картина: Данные позволят лучше понять биологию вида, динамику популяций и возможную адаптацию, а также помогут в разработке методов контроля.
• Сбор данных по ареалу: Учёные также собирают геномные данные из популяций по всему естественному ареалу, чтобы картировать различия подвидов и точнее определить происхождение североамериканских шершней.

Контекст:

Работа выполнена в рамках инициативы Ag100Pest — программы ARS по созданию референсных геномов для 100 наиболее значимых членистоногих вредителей сельского хозяйства, включая потенциально инвазивные виды. Развитие технологий секвенирования в рамках этой программы позволило совершить парадигмальный сдвиг в борьбе с инвазивными видами, убрав прежние ограничения, связанные с размером образца, качеством и сложностью ДНК.