Оценка точности методов секвенирования

Исследователи сравнили профили микробных сообществ, полученные с помощью высокопроизводительного короткочитающего (Illumina) и длинночитающего (Pacific Biosciences) секвенирования, используя синтетические и природные микробные сообщества из озера.

Микробы играют ключевую роль в поддержании биогеохимических циклов планеты, но охарактеризована лишь их малая часть. Точное профилирование микробных сообществ даёт информацию об их взаимодействиях и метаболических путях, а также позволяет изучать некультивируемые и неизвестные организмы.

Характеристика и классификация видов часто основана на последовательностях гена 16S рРНК — филогенетического маркера, используемого для классификации всей жизни. В последнее десятилетие высокопроизводительное короткочитающее секвенирование (iTags) позволило охарактеризовать десятки тысяч микробов, но за счёт более низкого таксономического разрешения.

В исследовании, опубликованном 9 февраля 2016 года в ISME Journal, учёные из Объединённого института генома (DOE JGI) описывают подход «PhyloTags», использующий длинные чтения платформы Pacific Biosciences. PhyloTags сравнивались с iTags от Illumina.

Результаты показали, что PhyloTags являются надёжной альтернативой или дополнением к экономичным iTags, обеспечивая более точное филогенетическое разрешение и прогнозирование метаболического потенциала сообществ.

В частности, некоторые роды микробов, участвующие в циклах азота и метана в толще воды озера, были идентифицированы только с помощью PhyloTags и пропущены короткими iTags.

Эта работа представляет собой первое эталонное исследование, предлагающее всестороннее сравнение двух подходов к секвенированию. Каждый метод имеет свои преимущества и недостатки. Исследование проясняет эти аспекты, помогая учёным выбирать подход, наиболее подходящий для их экспериментальных задач.