База данных ДНК-вирусов и ретровирусов дебютирует на платформе IMG

В серии из четырёх статей, опубликованных в специальном выпуске журнала Nucleic Acids Research, посвящённом базам данных, исследователи из DOE JGI сообщают о последних обновлениях нескольких общедоступных баз данных и вычислительных инструментов. Один из отчётов посвящён новой базе данных, ориентированной на глобальное вирусное разнообразие.

Вирусы оказывают значительное влияние на выживаемость микробов и их взаимодействие в сообществах. Для управления и интерпретации огромных объёмов данных, полученных благодаря развитию технологий секвенирования, необходимы специализированные инструменты. Эти обновления сосредоточены на аналитических инструментах баз данных для микробной геномики и вирусов, имеющих отношение к миссии DOE в области биоэнергетики и окружающей среды.

В выпуске журнала Nucleic Acids Research от 1 января 2017 года исследователи из Объединённого института генома Министерства энергетики США (DOE JGI) описывают базу данных IMG/VR (https://img.jgi.doe.gov/vr/). Это крупнейшая подобная общедоступная база данных, содержащая 3 908 референсных изолятов ДНК-вирусов и 264 413 вычислительно идентифицированных вирусных контигов из более чем 6000 экологически разнообразных метагеномных образцов.

Платформа IMG/VR представляет собой комплексную вычислительную систему, интегрирующую все эти последовательности с сопутствующими метаданными и аналитическими инструментами. Её создание последовало за недавним отчётом DOE JGI о вирусном разнообразии, опубликованным в журнале Nature.

Другие статьи в том же выпуске описывают обновления нескольких общедоступных интерактивных баз данных с момента последней серии отчётов 2014 года:

• В системе Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG/M, https://img.jgi.doe.gov/m/) по состоянию на июль 2016 года находилось 47 516 геномов архей, бактерий и эукариот. Это представляет собой увеличение более чем на 300% с сентября 2013 года. IMG/M содержит аннотированные данные последовательностей ДНК и РНК.
• Genomes Online Database (GOLD, https://gold.jgi.doe.gov) — это система управления данными с ручной курацией, каталогизирующая проекты секвенирования со всего мира. В текущей версии GOLD (v.6) все проекты организованы по четырёхуровневой системе классификации.
• Integrated Microbial Genomes Atlas of Biosynthetic gene Clusters (IMG-ABC, https://img.jgi.doe.gov/abc/), запущенная в 2015 году, позволяет исследователям искать кластеры биосинтетических генов и вторичные метаболиты. Последнее обновление включает инструмент ClusterScout для целевого поиска пользовательских кластеров биосинтетических генов.