Ресурс данных изображений: первый общий репозиторий для биологических изображений

Ученые из Университета Данди, Европейского института биоинформатики (EMBL-EBI), Бристольского и Кембриджского университетов создали прототип репозитория для данных изображений — Image Data Resource (IDR). Это первый в своем роде общий биологический репозиторий, который бесплатно хранит и интегрирует данные из разных методов и лабораторий. Результаты описаны в журнале Nature Methods.

Проблема: сложность обмена изображениями

Жизненные науки все больше полагаются на 2-D, 3-D и 4-D данные изображений, но их огромная неоднородность и размер затрудняют создание центрального ресурса, связывание с другими типами данных и обмен.

До сих пор не существовало репозитория, который был бы одновременно универсальным и связанным с другими био-молекулярными данными.

Решение: IDR

IDR — это не просто архив картинок. Он решает ключевые проблемы:

• Хранит разнородные данные: высокоэффективный скрининг, микроскопия сверхвысокого разрешения, покадровая съемка, цифровая патология.
• Интегрирует данные: связывает изображения с молекулярными и фенотипическими данными, метаданными протоколов, параметрами анализов и наблюдаемыми эффектами.
• Обеспечивает контекст: для каждого изображения указано, что оно изображает, где, кем и какие выводы можно сделать.

Доказательство успеха

Используя данные из IDR, группы из Данди и Бристоля объединили информацию из нескольких исследований. Они идентифицировали гены, мутация или удаление которых заставляет клетки вытягиваться, и построили генные сети. Это демонстрирует, как совместное использование данных изображений может раскрыть ранее неизвестные взаимодействия на масштабе, недоступном для отдельных исследований.

Значение и перспективы

• Для науки: общий доступ к изображениям позволяет исследователям запрашивать существующие данные, выявлять закономерности и проводить новые анализы.
• Для индустрии: представляет огромный интерес для биотехнологических и фармацевтических компаний для выявления новых мишеней и терапий.
• Для инфраструктуры: IDR служит пилотным примером для будущих общеевропейских сервисов обмена данными, таких как Euro-BioImaging.

Следующий шаг — привлечение поддержки и инвестиций для превращения прототипа в готовую к эксплуатации инфраструктуру. Программное обеспечение IDR имеет открытый исходный код, что способствует его интеграции в другие системы.