ДНК раскрывает эволюционную историю музейных образцов

Международная команда под руководством исследователей из Женевского университета (UNIGE) и Музея естественной истории Женевы (MHN) оптимизировала метод анализа древней ДНК для установления родственных связей между видами в глубоком эволюционном масштабе. Работа опубликована в журнале Genome Biology and Evolution.

Расшифровка деградировавшей ДНК

Большинство образцов в музеях естественной истории содержат ДНК в плохом состоянии — сильно фрагментированную и трудную для секвенирования. Учёные усовершенствовали метод HyRAD-X, который позволяет «вылавливать» фрагменты генома с помощью ДНК-зондов от близкородственных видов. Однако такие зонды работали только для геномов с низким уровнем дивергенции.

В новой работе исследователи использовали РНК-зонды вместо ДНК-зондов. РНК-ДНК взаимодействия происходят легче, чем ДНК-ДНК, что делает РНК-зонды более эффективными «крючками» даже для сильно разошедшихся геномов.

«Благодаря этому новому методу мы смогли проследить эволюционную историю не в рамках одного вида на протяжении миллиона лет, а для нескольких видов и на протяжении десятков миллионов лет!» — объясняет Эммануэль Туссен, первый автор исследования.

Генеалогия жужелиц стала известнее

Учёные проанализировали ДНК жужелиц с острова Святой Елены, собранных в 1960-х годах и хранящихся в MHN. Анализ показал, что этот ныне вымерший вид, ранее относившийся к роду Aplothorax, на самом деле принадлежит к роду Calosoma. Также удалось установить его вероятное африканское происхождение и построить хронологию эволюции подсемейства Carabinae, чьё происхождение восходит к нижнему мелу.

«Наше исследование открывает множество перспектив для установления эволюционной истории миллионов образцов в музейных коллекциях по всему миру», — заключает Надир Альварес.