Диагностика на основе ДНК 2.0

Новейшее поколение секвенаторов ДНК позволяет за несколько дней определить все гены растения, а также присутствующие патогены. Это открывает беспрецедентные возможности для диагностики болезней растений и отслеживания новых вспышек.

Раньше секвенаторы работали только с относительно простыми образцами ДНК или РНК, что требовало предварительного умножения целевых генов с помощью ПЦР (полимеразной цепной реакции). Это делало анализ предвзятым и позволяло выявлять только целевые патогены.

Современные секвенаторы определяют последовательность миллионов фрагментов одновременно, что позволяет секвенировать сырой материал напрямую. Полученные последовательности анализируются сложными биоинформатическими методами с использованием растущих баз данных ДНК/РНК растений, грибов, бактерий и вирусов.

Преимущества и неожиданности

• Экономия времени: Скрининг нескольких образцов пораженных культур позволяет выявить наиболее вероятного возбудителя за два дня.
• Неожиданные находки: Широкий скрининг иногда выявляет новые, неожиданные патогены или новые варианты известных.

Риски и перспективы

Вероятность ложных срабатываний низка, так как комбинация экспертизы в фитопатологии, обширных баз данных и предварительного отбора пораженной ткани обычно позволяет идентифицировать действительно вредоносный патоген.

Технология, как ожидается, станет коммерчески доступной в следующем году. Она ускорит популяционные исследования патогенов, позволит быстро отслеживать их тонкие изменения, точнее определять источник вспышки и в базовых исследованиях — контролировать скорость этих изменений.