Роль и механизмы регуляции длинных некодирующих РНК в плодах и овощах

С развитием технологий секвенирования генома в плодах и овощах было идентифицировано множество длинных некодирующих РНК (днРНК, lncRNAs). Исследования показали, что они регулируют экспрессию белков-кодирующих генов на транскрипционном и посттранскрипционном уровнях, играя ключевую роль в росте, развитии и стрессовых реакциях растений.

Новый обзор, опубликованный в Horticulture Research, суммирует текущее понимание формирования, функциональных характеристик и регуляторных механизмов lncRNAs в плодах и овощах.

На основе направления транскрипции и положения относительно белков-кодирующих генов lncRNAs классифицируются на четыре типа: межгенные (lincRNAs), длинные антисмысловые транскрипты (lncNATs), смысловые и интронные (incRNAs). В статье формирование и основные характеристики lncRNAs описаны с трёх сторон: распространённость и размер, структура и локализация, распад и эволюция.

Роли lncRNAs в плодах и овощах, рассмотренные в последних исследованиях, охватывают различные аспекты:

Авторы также прояснили регуляторные механизмы lncRNAs в контроле транскрипции генов и альтернативном сплайсинге, а также их взаимодействие с фитогормонами, транскрипционными факторами и микроРНК (miRNAs).

Развитие технологий высокопроизводительного секвенирования значительно улучшило возможности для обнаружения, предсказания и идентификации lncRNAs. Однако в базах данных растений по-прежнему не хватает комплексных данных анализа lncRNAs для плодов и овощей, что затрудняет характеристику их экспрессии и локализации.

Кроме того, высокая стоимость экспериментов по субклеточной локализации lncRNAs (например, методом FISH) ограничивает исследования, что подчёркивает острую необходимость в разработке более доступных методов.

Изучение функций и механизмов lncRNAs у плодовых и овощных культур всё ещё находится на ранней стадии. Быстрое развитие технологий откроет новые возможности и приведёт к прорывам в этой области.