Новый метод для анализа данных одиночных клеток CITE-seq

CITE-seq (клеточное индексирование транскриптомов и эпитопов) — это метод на основе РНК-секвенирования, который одновременно определяет количество поверхностных белков клетки и транскриптомные данные в рамках одного считывания с одиночной клетки. Возможность изучать клетки одновременно дает беспрецедентное понимание новых типов клеток, патологических состояний или других условий.

Однако одним из ограничений CITE-seq является высокий уровень фонового шума, который может затруднять анализ.

Чтобы решить эту проблему, исследователи из Бостонского университета разработали новый инструмент DecontPro, который может идентифицировать и удалять нежелательный фоновый шум из различных источников.

DecontPro — это байесовская иерархическая модель, созданная для деконтаминации двух источников загрязнения, наблюдаемых эмпирически в данных CITE-seq. Она может использоваться как важный инструмент контроля качества, который поможет в последующем анализе и позволит исследователям лучше понять молекулярные причины заболеваний.

Ученые исследовали несколько общедоступных наборов данных, профилирующих разные типы тканей с помощью CITE-seq, и обнаружили новый тип артефакта, который они назвали «спанджлет» (spongelet). Спанджлеты вносили значительный вклад в фоновый шум в нескольких наборах данных.

Исследователи выяснили, что DecontPro может оценивать и удалять различные источники фонового шума, включая:

• Загрязнение от спанджлетов.
• Загрязнение от амбиентного материала, который может присутствовать в клеточной суспензии.
• Неспецифическое связывание антител.

Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research.