Новый цифровой инструмент может изменить подход к изучению клеток

Наблюдение за изменениями и развитием клеток во времени — ключевой элемент научных и медицинских исследований. Такие исследования могут показать, как клетки мутируют в определённых условиях или реагируют на внешние воздействия, например, на лечение. Это помогает понять, как распространяется болезнь и почему клетки некоторых пациентов не реагируют на терапию, такую как химиотерапия.

Отслеживать развитие конкретных клеточных признаков сложно. Учёные из отделений биологии и математики Йоркского университета создали бесплатный цифровой инструмент, который может помочь.

Программный пакет CellPhe — первый в своём роде инструмент, способный извлекать серию признаков из клетки в ходе временного исследования и характеризовать клетки на основе их поведения и внутренней структуры. Пакет также автоматически устраняет ошибки в отслеживании клеток, повышая качество данных.

В исследовании, опубликованном 3 апреля в Nature Communications, CellPhe корректно идентифицировал два разных набора клеток рака молочной железы — один обработанный химиотерапевтическими препаратами, а другой нет. Сравнивая две группы, CellPhe также смог выявить потенциально устойчивую подгруппу обработанных клеток.

Такие данные особенно важны для понимания рака молочной железы и разработки его лечения, поскольку химиорезистентность часто приводит к рецидиву у пациентов.

CellPhe также может найти практическое применение в процессах скрининга лекарств и прогнозирования течения болезни.

Лаура Уиггинс с факультета биологии сказала: «Невероятно захватывающе — иметь возможность количественно оценивать поведение клеток во времени с такой беспрецедентной детализацией. Много усилий было вложено в то, чтобы сделать CellPhe удобным для пользователя и адаптируемым к новым приложениям, поэтому мы с нетерпением ждём, как наше средство будет использоваться сообществом. Мы предвидим, что CellPhe сыграет ключевую роль в нашем понимании клеточного ответа на лекарства, а также способов, которыми клетки общаются друг с другом — через сигнализацию, а также через прямой контакт».

CellPhe доступен бесплатно онлайн, работает на любой операционной системе и поставляется с руководством и обучающим видео.