Учёные разработали инструмент для секвенирования кольцевой ДНК

Биологи из Университета Альберты создали новый инструмент для секвенирования кольцевой ДНК — CIDER-Seq. Он предоставит учёным более богатые и точные данные, которые могут помочь в исследованиях вирусов, сельского хозяйства и, возможно, даже рака.

Инструмент, использующий технологию секвенирования PacBio, был выложен исследователями в открытый доступ вместе с пошаговыми лабораторными и компьютерными протоколами для анализа последовательностей ДНК.

"С нашим изобретением CIDER-Seq мы можем начать понимать функцию этих загадочных кольцевых ДНК в клетках человека и растений", — заявил ведущий автор исследования, постдок Деванг Мета.

Кольцевая ДНК часто встречается в геномах бактерий и вирусов. Недавно учёные обнаружили кольцевую ДНК в ядрах клеток человека и растений — экстрахромосомную кольцевую ДНК (eccDNA).

По словам Меты, этот малоизученный тип кольцевой ДНК также часто встречается в раковых клетках и может быть связан с их способностью быстро размножаться.

Прогресс в изучении роли eccDNA в раке сдерживался отсутствием эффективных методов для её исследования и секвенирования.

"Мы разработали новый метод молекулярной биологии и новый биоинформатический алгоритм, чтобы наконец получить полноразмерные последовательности eccDNA", — объяснил Мета. — "Наш метод позволяет полностью секвенировать эти молекулы и даёт нам и другим исследователям инструмент, чтобы лучше понять, что они на самом деле делают в клетке".

Новый инструмент может быть особенно полезен учёным в сельском хозяйстве, поскольку многие вирусы, поражающие культуры, имеют кольцевую ДНК.

"Например, мы использовали более раннюю версию CIDER-Seq, чтобы изучить эффективность генетически модифицированных растений, устойчивых к вирусам с кольцевой ДНК, в полевых испытаниях в Кении", — отметил он.

Исследование "Full-Length Sequencing of Circular DNA Viruses and Extrachromosomal Circular DNA Using CIDER-Seq" опубликовано в Nature Protocols.