Сближение стандартов данных о биоразнообразии и омиксных данных: новый шаг к интеграции
Исследования и мониторинг биоразнообразия всё больше зависят от биомолекулярных данных. Стандартизация этих данных, включая как первичную информацию, так и контекстные метаданные, критически важна для их повторного использования, интеграции и генерации знаний. Хотя и сообщество исследователей биоразнообразия, и омиксное сообщество признали острую необходимость в стандартах (мета)данных, исторически они разрабатывали и принимали собственные стандарты, что затрудняло сотрудничество и интеграцию данных.
Для решения насущной проблемы совместимости между стандартами (мета)данных о биоразнообразии и омиксными данными была создана Целевая группа (Task Group, TG) по устойчивой интероперабельности DwC-MIxS. Её главная миссия — преодолеть разрыв между стандартами двух организаций: стандартом Darwin Core (DwC) от Biodiversity Information Standards (TDWG) и чек-листом Minimum Information about any (x) Sequence (MIxS) от Genomic Standards Consortium (GSC), создав устойчивую основу для интеграции данных.
В рамках работы группа экспертов создала семантически точную и долгосрочную систему совместимости между стандартом DwC (TDWG) и чек-листом MIxS (GSC).
Результатом этого сотрудничества стала методическая статья, в которой описывается построение устойчивой интероперабельности между DwC и MIxS. Статья опубликована в Biodiversity Data Journal в рамках специальной коллекции, призванной продемонстрировать преимущества и новые подходы к доступу и (повторному) использованию связанных данных о биоразнообразии.
«С представителями устоявшихся инфраструктур данных о биоразнообразии, экспертами в предметной области, генераторами данных и издателями мы — ab initio — соединили концептуальное пространство с прикладным», — пишут члены целевой группы.
Для обеспечения устойчивости и долгосрочного эффекта этой инициативы TDWG и GSC подписали Меморандум о взаимопонимании, направленный на создание постоянной модели для синхронизации их стандартов.
«Мы уверены, что деятельность этой Целевой группы вдохновит на подобные инициативы между другими стандартами метаданных в этой сфере, чтобы разрушить изолированность и проложить путь к более совместному и совместимому будущему», — заключают они.