BioKA: база знаний биомаркеров для животных
Биомаркеры — это измеримые индикаторы биологических процессов, патологий или реакции на терапию. Они критически важны для диагностики, разработки лекарств и селекции.
Исследователи из Пекинского института геномики Китайской академии наук создали Biomarker Knowledgebase for Animals (BioKA) — первую масштабную базу, которая закрывает пробел в ресурсах по биомаркерам для нечеловеческих видов. Работа опубликована в Nucleic Acid Research.
Содержание базы данных
BioKA содержит:
- 16 296 биомаркеров, связанных с 951 заболеванием/признаком.
- Данные из 4 747 научных публикаций по 31 виду животных.
- Тщательно отобранные маркеры: 11 925 генов/белков, 1 784 miRNA, 1 043 мутаций, 773 метаболических, 357 circRNA и 127 lncRNA.
Ключевые возможности
- Поиск и аннотация: Поиск по ключевым словам или последовательностям. Для каждого маркера доступны данные о белковых взаимодействиях, мишенях miRNA, вариантах и экспрессии генов.
- Акцент на достоверности: База фокусируется на человеческих биомаркерах и указывает, на каких модельных животных они были валидированы экспериментально (in vitro, in vivo и др.).
- Межвидовые сравнения: Предоставлены гомологичные аннотации для 8 784 биомаркеров у 16 видов, что помогает в открытии новых маркеров и подборе модельных организмов.
- Визуализация знаний: Интерактивный граф знаний объединяет 7 320 сущностей из 10 видов, отображая регуляторные взаимодействия (белок-белок, circRNA-miRNA-mRNA, lncRNA-miRNA).
BioKA способствует не только исследованиям болезней человека, но и углублённому изучению заболеваний животных и селекции в животноводстве.