Черновой вариант протеома мыши на основе масс-спектрометрии

Исследователи из Технического университета Мюнхена (TUM) с помощью масс-спектрометрии охарактеризовали протеом (полный набор белков) важного модельного организма — лабораторной мыши. Ранее та же команда представила черновые варианты протеома человека (2014) и модельного растения Arabidopsis thaliana (2020).

Лабораторная мышь — одна из ключевых экспериментальных систем в биомедицинских исследованиях. «Мы представляем количественный черновик протеома и фосфопротеома мыши, построенный на основе 41 здоровой ткани. Эти молекулы являются клеточными регуляторами как нормальных, так и патологических процессов», — говорит профессор Бернхард Кюстер.

Что удалось выяснить

• Данные по белкам: Получены тканеспецифичные профили, подтверждающие экспрессию 17 000 генов в виде белков, включая тысячи изоформ (белков, возникающих из одного гена, но различающихся по структуре).
• Фосфорилирование: Обнаружено 50 000 сайтов фосфорилирования — особых и важных участков белков, регулирующих клеточные процессы.
• Сравнение видов: Протеогеномное сравнение мыши, человека и Arabidopsis выявило как общие, так и различные механизмы регуляции экспрессии генов. Несмотря на множество сходств, найдены многочисленные виды-специфичные ортологи (белки, различающиеся по количеству), которые, вероятно, выполняют уникальные для вида функции.
• Практическое применение: «Мы использовали протеом мыши, интегрировав более 400 наборов данных о фенотипическом ответе на лекарства и радиацию с протеомами 66 линий клеток протоковой аденокарциномы поджелудочной железы (PDAC), чтобы выявить молекулярные маркеры чувствительности и резистентности к препаратам», — отмечает первый автор работы Пьеро Джиансанти, Ph.D.

Уникальный атлас дополняет другие молекулярные ресурсы по мыши. Вся информация находится в свободном доступе в онлайн-базах данных ProteomicsDB и PACiFIC.