Новое оборудование для анализа ДНК раскрывает риск так называемого бессимптомного вируса, связанного с крупными жилками салата

Исследователи из Plant Research International (часть Wageningen UR) с помощью оборудования для секвенирования ДНК нового поколения доказали, что именно Lettuce big vein associated virus (LBVaV) вызывает некротические симптомы у салата. Ранее считалось, что этот вирус присутствует в растении, не проявляя симптомов. Благодаря новым знаниям о природе вируса селекционные компании смогут лучше оценивать связанные с ним риски.

LBVaV почти всегда встречается в комплексе с другими вирусами, вызывающими болезни крупных жилок и некроза колец салата. Товарный вид салата значительно ухудшается при появлении на листьях некротических колец и пятен.

Какой вирус ответственен?

Существует две основных болезни салата, передающихся через почву: крупные жилки и некроз колец. Их вызывают вирусы рода Ophiovirus: Mirafiori lettuce big-vein virus (MiLBVV) и Lettuce ring necrosis virus (LRNV).

Lettuce big vein associated virus (LBVaV) почти всегда присутствует вместе с этими двумя вирусами. Так как отсутствие LBVaV не меняло симптомов, вызываемых другими вирусами, считалось, что сам LBVaV не вызывает симптомов. Однако в некоторых случаях некроз наблюдался у салата, зараженного только MiLBVV и LBVaV (без LRNV). Это заставило ученых изучить возможную роль LBVaV.

Сложность изучения

LBVaV — высоконестабильный вирус, который очень трудно изолировать из растений и изучать отдельно. Вирусологу Мартину Вербеку удалось изолировать вирус из комплекса с другими известными вирусами салата, используя новые технологии инокуляции, и размножить его индивидуально в растениях-индикаторах. После переноса в здоровый салат растения заболели, проявив синдром с некротическими кольцами и пятнами. Но исключить участие других неизвестных вирусов в появлении симптомов было невозможно.

Секвенирование нового поколения

Доказательство того, что причиной некроза является LBVaV, было получено с помощью оборудования для секвенирования ДНК нового поколения. Оно позволяет быстро сканировать растения на генетический материал вирусов на уровне ДНК и обнаруживать «скрытые» вирусы. В зараженных LBVaV растениях салата с симптомами некроза был найден только РНК LBVaV. Генетический материал других вирусов отсутствовал. Это доказывает, что LBVaV действительно вызывает симптомы и влияет на товарность салата.

Секвенирование нового поколения доказало свою эффективность как инструмент для выявления истинных характеристик вируса, ранее считавшегося малоопасным. Это первый пример успешного соединения новейшей молекулярной технологии с «золотым стандартом» XIX века — постулатами Коха.