Большинство видов бактерий остаются неизученными в научных исследованиях

Биомедицинский инженер из Мичиганского университета обнаружил, что лишь небольшая часть всех известных видов бактерий когда-либо была основным объектом научного исследования и последующей публикации. В своей работе, размещенной на сервере препринтов bioRxiv, Пол Йенсен описывает, как искал информацию о видах бактерий в базе данных PubMed и обнаружил, что большинство исследований сосредоточено лишь на нескольких видах.

На протяжении последних десятилетий Escherichia coli не только хорошо изучена, но и используется как инструмент для изучения других биологических характеристик, поскольку теперь она так хорошо понятна. То же самое нельзя сказать о других бактериях, отмечает Йенсен, или даже о других микроорганизмах в целом.

В базе данных PubMed он обнаружил, что из 43 409 известных видов бактерий всего 10 из них составляют примерно половину всех исследовательских статей, перечисленных на сайте. Он также выяснил, что примерно для 75% всех видов, которые он искал, результатов не нашлось — о них не было опубликовано ни исследований, ни статей.

Йенсен сделал эти выводы, изучая возможность использования LLM для синтеза исследований, посвященных изучению определенных микроорганизмов. В частности, он надеялся узнать больше о Streptococcus sobrinus — микроорганизме, ответственном за кариес. К его удивлению, он нашел всего несколько десятков статей — недостаточно для эффективного обучения LLM. Он также отметил, что уже прочитал все существующие статьи.

Йенсен обнаружил, что статьи об E. coli составляют 21% от общего числа статей о бактериях в базе данных. PubMed, по его словам, предоставляет хороший способ анализа исследовательских усилий в отношении микроорганизмов, поскольку изучаемые виды указаны в аннотациях и/или заголовках. Он также предполагает, что проценты статей, найденных на этом сайте, вероятно, соответствуют тем, которые можно найти в других репозиториях. Он считает, что микробиологам необходимо расширить свои исследовательские перспективы в ближайшие годы, поскольку о других микроорганизмах еще многое предстоит узнать.