Обнаружено около 2000 неизвестных бактерий в кишечнике человека

Исследователи из Европейского института биоинформатики EMBL и Института Сэнгера Уэлком обнаружили около 2000 видов бактерий, обитающих в кишечнике человека. Эти виды еще не культивированы в лаборатории. Команда использовала ряд вычислительных методов для анализа образцов от людей по всему миру.

Результаты, опубликованные в журнале Nature, показывают, что хотя исследователи, возможно, приближаются к созданию полного списка микробов, распространенных в микробиомах жителей Северной Америки и Европы, существует значительный недостаток данных из других регионов мира.

«Реконструкция» бактерий

Многие виды микробов среди кишечной микробиоты долгое время оставались неизвестными из-за низкой численности или неспособности выжить вне кишечника. Используя вычислительные методы, исследователи смогли реконструировать геномы этих бактерий.

«Вычислительные методы позволяют нам изучать бактерии, которые мы пока не можем культивировать в лаборатории. Использование метагеномики для реконструкции бактериальных геномов похоже на сборку сотен пазлов после смешивания всех кусочков, не зная, как должно выглядеть итоговое изображение, и предварительно убрав несколько деталей, чтобы было сложнее», — говорит Роб Финн, руководитель группы в EMBL-EBI.

Географическое разнообразие

Исследование подчеркнуло различия в составе кишечных бактерий у людей по всему миру и важность отражения этого разнообразия в изучаемых образцах.

«Мы видим, что в данных по популяциям Европы и Северной Америки появляется много одних и тех же видов бактерий. Однако несколько наборов данных из Южной Америки и Африки, к которым у нас был доступ, выявили значительное разнообразие, отсутствующее у первых популяций. Это говорит о том, что сбор данных от недостаточно изученных популяций необходим для получения по-настоящему полной картины состава кишечника человека», — отмечает Финн.

Чертеж кишечника человека

«Вычислительные методы позволяют составить представление о многих видах бактерий, живущих в кишечнике человека, об их эволюции и возможных ролях в микробном сообществе», — говорит Александра Алмейда, научный сотрудник EMBL-EBI и Института Сэнгера. — «В этом исследовании мы использовали наиболее полные общедоступные базы данных по желудочно-кишечным бактериям, чтобы идентифицировать ранее не встречавшиеся виды бактерий».

«Такие исследования помогают нам создать так называемый чертеж кишечника человека, который в будущем может помочь лучше понять здоровье и болезни человека и даже направлять диагностику и лечение желудочно-кишечных заболеваний», — заключает Тревор Лоули, руководитель группы в Институте Сэнгера Уэлком.