Создана «Википедия» для устойчивых к антибиотикам бактерий
Исследователи из DTU создали открытую платформу на основе 214 000 образцов микробиомов. Она показывает, где в мире и в каких количествах встречаются различные типы устойчивых бактерий.
Понимание распространения устойчивости требует знания того, где, какие и сколько генов устойчивости присутствует в окружающей среде — у животных, людей, в почве и воде. Эти гены могут передаваться между разными средами.
Данные для адаптации стратегий борьбы
Существующие данные об устойчивых бактериях (например, в сточных водах, почве, животных или людях) часто разрознены и сложны для обработки из-за огромных объёмов и требуемых вычислительных мощностей.
«Такие большие объёмы данных интересны, потому что мы можем находить новые закономерности и связи между патогенными микроорганизмами и устойчивостью. Например, мы видим, что распространённость определённых типов устойчивости сильно различается в разных частях мира. Эти знания можно использовать для адаптации рекомендаций по борьбе с устойчивостью в разных регионах», — говорит аспирант Ханна-Мари Мартини из DTU National Food Institute.
Связи между бактериями и устойчивостью
Исследователи проанализировали 214 000 образцов и организовали их в удобный для использования каталог устойчивых бактерий, охватывающий страны, людей и окружающую среду.
«Вы можете сравнить это с большой энциклопедией, такой как Википедия, которая собирает знания из многих разных источников и организует их так, чтобы каждый мог получить к ним доступ. Таким же образом мы собираем данные об устойчивости бактерий к антибиотикам и делимся ими со всеми», — объясняет Мартини.
Анализ 214 000 образцов (почти 300 терабайт данных) занял месяцы работы на высокопроизводительном компьютере.
«Проводя эти изначально очень ресурсоёмкие анализы и делая их доступными для всех, мы даём исследователям по всему миру больше возможностей для поиска новых решений, которые помогут снизить уровень устойчивости к антибиотикам. Это соответствует принципам Open Science и FAIR», — говорит профессор Франк Мёллер Аареструп.
Глобальный мониторинг в реальном времени
Развитие устойчивых типов бактерий сильно варьируется от страны к стране. Но устойчивая бактерия, например, в Египте, может быстро распространиться по всему миру.
«Опыт пандемии COVID-19 показал нам ценность глобальных данных эпиднадзора, например, для борьбы с болезнями, когда они угрожают выйти за пределы границ страны», — отмечает Аареструп.
Работа по созданию базы данных описана в журнале PLOS Biology.