РНК бактерий живут меньше, чем предполагалось

Исследователи из Института инфекционных исследований Гельмгольца на основе РНК (HIRI) и Вюрцбургского университета имени Юлиуса и Максимилиана (JMU) разработали статистический подход, позволяющий точнее предсказывать период полураспада РНК у бактерий.

Используя новый метод, команда обнаружила, что период полураспада РНК у Salmonella примерно в три раза короче, чем считалось ранее. Результаты опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences.

Новый метод для точных измерений

Распад РНК — ключевой процесс контроля синтеза белков. Стандартные методы определения стабильности бактериальной РНК (например, с использованием антибиотика рифампицина) подвержены ошибкам.

Новый подход объединяет данные высокопроизводительного секвенирования с байесовской статистической моделью. Этот метод позволяет тестировать различные гипотезы о том, как генерируются данные, и точнее определять биологические параметры.

Ключевые результаты

• Короткий период полураспада: У Salmonella enterica серовар Typhimurium период полураспада РНК составил около одной минуты, а не примерно три минуты, как предполагалось ранее.
• Переоценка для бактерий в целом: Полученные данные указывают, что периоды полураспада бактериальных РНК в целом были значительно завышены. Это может привести к пересмотру скоростей распада РНК и для других бактерий.
• Значение для исследований: «Скорости распада РНК — один из фундаментальных параметров, регулирующих экспрессию генов. Наши выводы важны для почти всех исследований, посвященных адаптации транскриптома и протеома бактерий к разным условиям, например, во время инфекции или после лечения антибиотиками», — поясняет Лаура Дженнихес, первый автор исследования.

Новый взгляд на РНК-связывающие белки

Метод также позволил детальнее изучить влияние РНК-связывающих белков (RBP) на распад РНК. Исследователи выявили значительные группы транскриптов, стабильность которых менялась после «отключения» RBP.

Это даёт новое представление о роли RBP в формировании транскриптома и указывает на то, что эти белки играют перекрывающиеся роли в поддержании клеточного баланса.