Новый метод визуализации движения спайк-белка коронавируса

Исследователи из Университета Коннектикута (UConn) разработали новый способ моделирования спайк-белка вируса SARS-CoV-2 и тестирования его связывания с антителами. Это может дать ученым более надежный инструмент для борьбы с вирусом, вызывающим COVID-19.

Проблема гибкости

Несмотря на вакцинацию, около 30% госпитализированных пациентов с COVID-19 в Коннектикуте полностью привиты. Одна из ключевых проблем — высокая гибкость и подвижность спайк-белка коронавируса. Эти белки на поверхности вируса настолько «извилисты», что ускользают от захвата антителами, что мешает иммунной системе выработать эффективные нейтрализующие антитела и создать долгосрочную защиту.

Идея проекта

Вычислительный биофизик Анна Тараканова и ее аспиранты предложили смоделировать динамику спайк-белка, чтобы понять, как он движется при взаимодействии с иммунной системой, и «зафиксировать» его в оптимальном положении для распознавания антителами. К проекту присоединились патобиолог Пауло Верарди и биохимик Саймон Уайт.

Результаты

Первая статья команды, опубликованная в Biophysical Journal 21 декабря, описывает:

• Какие части спайк-белка наиболее гибкие.
• Как мутации влияют на эту гибкость.
• Как динамика белка влияет на связывание с антителами. Исследователи также создали видеоролики, демонстрирующие движение белка.

Дальнейшие планы

Команда активно строит модели новых вариантов вируса, таких как дельта, лямбда и омикрон, чтобы понять, как эволюционирует их взаимодействие с антителами. Цель — создать оптимальную версию спайк-белка для разработки вакцины, обеспечивающей долгосрочную защиту без необходимости частых бустерных доз.