Метод viP-CLIP для изучения белковых сетей в тканях
Исследователи из IMHS совместно с коллегами разработали метод viP-CLIP (in vivo PAR-CLIP), позволяющий идентифицировать мишени РНК-связывающих белков (RBP) в тканях млекопитающих. Это открывает путь к функциональному анализу регуляторных сетей RBP in vivo.
Проблема: Существующие методы системного сшивания и иммунопреципитации (CLIP) эффективно выявляли механизмы регуляции RBP в культивируемых клетках, но имели ограничения из-за низкой эффективности сшивания в тканях.
Решение — viP-CLIP: Применив новый метод к печени мышей, учёные обнаружили, что транскрипты Insig2 и ApoB являются главными мишенями белка TIAL1. Это указало на важную роль TIAL1 в синтезе и секреции холестерина.
Функциональное подтверждение:
- TIAL1 влияет на трансляцию этих мишеней в гепатоцитах.
- Мыши с мутацией в гене Tial1 демонстрируют изменённый синтез холестерина, секрецию APOB и уровень холестерина в плазме.
Значение: Исследование, опубликованное в Nature Communications, показывает, что viP-CLIP может выявлять физиологически значимые мишени RBP. С его помощью был идентифицирован ранее неизвестный фактор, участвующий в отрицательной обратной связи регуляции биосинтеза холестерина.