Учёные нашли паттерны связывания транскрипционных факторов в ДНК

Сайты связывания транскрипционных факторов (TFs) в регуляторной ДНК образуют шесть различных паттернов, которые коррелируют с функциями факторов. Это открытие приближает к цели создания модели для предсказания активности энхансеров по последовательности ДНК.

Исследователи из Broad Institute изучили мотивы связывания 103 факторов в 47 типах клеток, сфокусировавшись на участках, лишённых нуклеосом (NDRs). Сравнение расположения мотивов выявило шесть чётких групп, которые перекрываются с известными ролями факторов в контроле экспрессии генов.

Эти паттерны распределены по NDRs не случайно. Определённые группы стабильно встречаются вместе во всех 47 типах клеток. Например, энхансеры, содержащие мотивы группы 4, также содержали больше мотивов группы 3 и меньше — групп 5 и 6. Это говорит о том, что разные комбинации TFs могут работать с разными типами энхансеров.

Результаты, опубликованные в PNAS командой под руководством Шарон Гроссман и Эрика Ландера, представляют собой новый шаг к долгосрочной цели: созданию модели для предсказания активности энхансеров в конкретном типе клеток на основе их последовательности ДНК. Они открывают путь к пониманию того, что отличает активный, функциональный энхансер от неактивного.