Геном дикого томата поможет его одомашненным родственникам
Исследователи собрали референсный геном для Solanum lycopersicoides — дикого родственника культурного томата — и создали веб-инструменты для помощи селекционерам и учёным в улучшении этой культуры.
S. lycopersicoides содержит ген, обеспечивающий устойчивость к определённому штамму бактериальной пятнистости. Этот ген можно внедрить в культурные томаты для защиты от патогена.
Это открытие побудило исследователей из Boyce Thompson Institute секвенировать геном растения и создать онлайн-ресурсы для облегчения поиска других полезных генов.
"Не было даже обсуждения, стоит ли секвенировать Solanum lycopersicoides — это было очевидным решением", — сказала Сьюзан Стриклер, соавтор статьи, опубликованной в The Plant Journal 18 мая.
Дикие родственники культурных растений становятся всё более ценными. В процессе одомашнивания культуры теряют многие гены, но дикие виды часто сохраняют гены, полезные для устойчивости к засухе и болезням.
В исследовании учёные продемонстрировали ценность нового генома, обнаружив несколько генов-кандидатов, связанных с:
- Фенольными соединениями и каротиноидами, влияющими на цвет, вкус и питательность.
- Устойчивостью к болезням.
Важной целью проекта было сделать референсный геном S. lycopersicoides максимально доступным и полезным для научного сообщества.
"Такие данные обычно отправляют в репозиторий NCBI, но не каждый исследователь является биоинформатиком или имеет доступ к соответствующим ресурсам", — отметил первый автор статьи Адриан Пауэлл.
Для повышения доступности были разработаны веб-инструменты:
- Браузер генома S. lycopersicoides на сайте Sol Genomics Network — ресурса для сообщества, изучающего паслёновые.
- Атлас экспрессии S. lycopersicoides, позволяющий анализировать данные RNA-секвенирования и визуализировать, какие гены активны в разных тканях и условиях.
Эти инструменты вместе с новым референсным геномом помогут: