Геномные последовательности двух диких предков томата

Томат — одна из самых популярных сельскохозяйственных культур. В процессе одомашнивания и селекции современного томата (Solanum lycopersicum var. lycopersicum) были утрачены некоторые потенциально полезные гены, присутствовавшие у его южноамериканских предков.

Команда из Университета Цукубы в сотрудничестве с компанией TOKITA Seed Co. Ltd. представила высококачественные геномные последовательности двух диких предков томата из Перу: Solanum pimpinellifolium и Solanum lycopersicum var. cerasiforme. Работа опубликована в журнале DNA Research.

Исследователи использовали технологии длинного прочтения ДНК и современные биоинформатические инструменты для анализа данных. Они собрали последовательности, сопоставили их с известными генами в 12 хромосомах культурного томата и идентифицировали тысячи последовательностей новых генов, отсутствующих у современных сортов. Многие из этих последовательностей уникальны для каждого из диких видов.

Анализ транскриптома (активных генов) в 17 различных тканях растений позволил предположить возможные функции новых генов, например, в развитии плодов, устойчивости к болезням в листьях или толерантности к засолению в корнях.

"Новые геномные последовательности будут ценны для изучения эволюции и изменений генетики в процессе одомашнивания. Дикие родственники содержат тысячи генов, которых нет у культурных томатов. Эта информация поможет селекционерам находить полезные гены для создания томатов с улучшенной устойчивостью к болезням, климатическим изменениям, а также с лучшим вкусом и лёжкостью", — говорит профессор Тору Ариидзуми.