Новый метод SPLASH открывает путь для таргетирования лекарств против устойчивости микробов
Исследователи из Сингапура разработали новый высокопроизводительный метод SPLASH (Sequencing of Psoralen Linked And Selected Hybrids), который в беспристрастном и крупномасштабном режиме идентифицирует, как молекулы рибонуклеиновой кислоты (RNA) объединяются внутри клеток. Технику использовали для описания RNA-сети в клетках человека и дрожжей, её динамики, а также влияния структурной организации на процессы трансляции и распада в клетке.
Разработка велась совместно докторами Ван Юэ и Ниранджаном Нагараджаном из Института генома Сингапура (GIS) A*STAR и была опубликована онлайн 12 мая 2016 года в журнале Molecular Cell.
RNA — ключевые молекулы, регулирующие экспрессию генов. В то время как научное сообщество десятилетиями изучало, как сворачиваются и взаимодействуют клеточные машины, такие как белки и хроматин, о том, как RNA взаимодействует сама с собой или с другими молекулами RNA, известно меньше. Это ограничение побудило команду создать SPLASH.
Доктор Ван, соавтор исследования, отметила: «Клетка — сложная машина; нам нужно понимать конфигурацию всех её компонентов, чтобы иметь возможность её конструировать и/или ремонтировать. Формы RNA и сети RNA-взаимодействий ключевы для клеточной функции. В зависимости от потребностей клетки эти динамические сети могут перестраиваться. Что наиболее важно, таргетирование этих сетей может быть средством для подавления инфекционных организмов».
Метод позволит команде изучать транскриптомы инфекционных организмов — включая патогенные бактерии, вирусы денге и Зика — чтобы понять, как формы и сети RNA в этих геномах обеспечивают заражение человеческих клеток патогенами. Эти усилия могут внести вклад в создание новых противомикробных средств, противовирусных препаратов или вакцин.
Доктор Нагараджан добавил: «Захватывающе получить первое всестороннее представление о RNA-интерактоме и зафиксировать его динамику. Теперь у нас есть инструменты, чтобы понять, как структурная организация RNA влияет на болезни и биологию патогенов, с конечной целью использовать это понимание для создания новых лекарств».
Исполнительный директор GIS профессор Нг Хак Хуи сказал: «Понимание сетей RNA-взаимодействий и регуляции генов — область большого интереса. До разработки SPLASH было мало инструментов, позволяющих углубиться в эту область. Этот метод открывает поле для понимания динамики RNA-сетей у различных организмов».