Высокопроизводительное секвенирование раскрыло историю распространения вирусов винограда
Виноград поражают более 90 вирусов, и новые виды обнаруживаются ежегодно благодаря технологии высокопроизводительного секвенирования (HTS). За последнее десятилетие HTS используется для идентификации вирома (совокупности вирусных геномов), что помогает фитопатологам в исследованиях.
Группа учёных из Франции провела систематический анализ данных по двум виноградным триховирусам: grapevine Pinot gris virus (GPGV) и grapevine berry inner necrosis virus (GINV). Им удалось получить новые полные вирусные геномы со всего мира, используя собственные наборы данных HTS и мировые базы данных HTS. Собранная информация помогла раскрыть эволюционную историю этих двух возникающих вирусов, представляющих новую угрозу виноградарству.
Исследование показало, что GPGV и GINV, вероятно, возникли в Азии. GPGV был завезён в Европу в 1950-х или 60-х годах, а оттуда попал в Южную и Северную Америку в 1980-х и 90-х годах из-за расширения площадей под виноделие. Интересно, что все межконтинентальные перемещения GPGV произошли до того, как вирус был идентифицирован и охарактеризован в Италии в 2012 году.
Также было обнаружено, что, хотя два вируса тесно связаны, они сильно различаются по эпидемиологическому успеху. Учёные предположили, что эта разница может быть результатом успешных карантинных и контрольных мер, применённых к межконтинентальным перевозкам материала в связи с высокосимптомным GINV, что предотвратило его распространение. В то же время эти же меры оказались неэффективными для GPGV, который часто проявляет неоднородные симптомы на виноградной лозе.
«Эта работа — первая в своём роде, переопределяющая всемирную эволюционную историю двух вирусов, поражающих растения, — сказал первый автор статьи Жан-Мишель Или. — В то время как предыдущие работы показывали некоторые важные перемещения растительных вирусов, они всегда были ограничены уровнем континента и никогда не описывались в мировом масштабе, как в нашей статье».
Или также отмечает силу сочетания HTS и других инструментов моделирования: «Программа, которую мы использовали, дала нам даты перемещения вирусов между странами и континентами, которые впечатляюще хорошо коррелировали с историей виноградарства по всему миру».