Вирус винограда Пино гри: новые данные о распространении и роль современных технологий
В ходе 8-летнего мониторинга более 60 растений на винограднике в регионе Шатонеф-дю-Пап (Южная Франция) фитопатологи наблюдали за вирусом винограда Пино гри (GPGV). В отличие от предыдущих наблюдений в Италии, они зафиксировали взрывное распространение вируса: более 75% проверенных растений оказались заражены между 2014 и 2015 годами. При этом в оставшиеся пять лет исследования положительных проб было крайне мало.
GPGV был впервые обнаружен в северо-восточной Италии в 2011 году с помощью технологии High-Throughput Sequencing (HTS). Этот метод позволяет лучше понять реакцию растений и экспрессию генома, а также идентифицировать виром — совокупность вирусных геномов в образце.
Используя HTS, фитопатолог Жан-Мишель Или и коллеги извлекли геномную информацию из 18 образцов и заново собрали 25 полных геномов GPGV.
"В сочетании с филогенетическим анализом мы предложили филодинамическую модель реконструкции событий интродукции и распространения GPGV в регионе Шатонеф-дю-Пап, — пояснил Или. — Наиболее вероятный период интродукции вируса на этот виноградник оценивается между 1999 и 2003 годами, с 3–6 возможными независимыми интродукциями. Важно отметить, насколько мощными стали биоинформатические инструменты — наша модель точно предсказала волну передачи в винограднике между 2014 и 2015 годами, что уже было подтверждено с помощью RT-PCR".
Эти данные контрастируют с ситуацией в двух итальянских виноградниках, где наблюдалось быстрое, но регулярное и прогрессивное распространение вируса. Взрывной характер распространения во Франции дополняет существующие знания о GPGV и ставит вопросы о роли переносчиков, специфических климатических условий или других неизвестных параметров.
"Наши результаты также подчеркивают разрыв между интродукцией вируса (скорее всего, через зараженный материал) и его передачей от растения к растению через переносчиков", — отмечает команда.
Ранее Или и коллеги уже публиковали работу, описывающую глобальную эволюционную историю GPGV. Новое исследование дополняет её деталями эпидемиологии на локальном уровне.