Новый метод позволяет секвенировать геномы отдельных видов из микробных сообществ
Ученые разработали подход, который позволяет секвенировать геномы отдельных видов из сложных смесей микроорганизмов. Это значительный шаг вперед в изучении огромного разнообразия микробных сообществ, включая микробиом человека. Работа описана в статье, опубликованной 22 мая в журнале G3: Genes|Genomes|Genetics.
Проблема стандартных методов
Микробные сообщества состоят из множества различных видов. Стандартные методы секвенирования таких образцов объединяют информацию от всех микробов, что приводит к сложной для анализа смеси генов и затрудняет обнаружение неизвестных видов.
Суть нового подхода
Метод определяет, какие фрагменты последовательности в смешанном образце происходят из одного генома, позволяя воссоздавать полные последовательности геномов для отдельных видов в смеси.
Ключевая технология
Подход сочетает стандартные методы с техникой, которая картирует, какие фрагменты ДНК изначально находились рядом внутри одной клетки:
- Клетки обрабатывают химическим агентом, который сшивает близко расположенные нити ДНК (внутри одной клетки).
- ДНК измельчают на фрагменты.
- Сшитые участки изолируют и секвенируют.
Значение метода
- Позволяет открывать множество неизвестных микробных видов, которые невозможно культивировать в лаборатории, и одновременно собирать их геномные последовательности.
- Открывает новые возможности для изучения микробов в естественной среде.
- Критически важен для построения полной картины геномного состава сложных микробных смесей, что необходимо для понимания влияния микробиома на здоровье человека.