Новый метод секвенирования поможет в борьбе с сосновым лубоедом и в исследованиях рака
Исследователи из Университета Британской Колумбии (UBC) помогли разработать более дешёвый и быстрый способ сборки черновых последовательностей геномов. Это может продвинуть борьбу с инвазией горного соснового лубоеда (MPB) и улучшить исследования рака.
Нынешние методы секвенирования имеют различные преимущества и недостатки, включая высокую стоимость. Доктор Стивен Джонс и коллеги из BC Cancer Agency и Университета Саймона Фрейзера объединили передовое оборудование с новым программным обеспечением, чтобы собирать последовательности геномов за малую часть стоимости предыдущих методов.
Техника описана в текущем выпуске журнала Genome Biology.
Используя новый подход, исследовательская группа, в которую также входят Йорг Болманн, Колетт Брёй и Ричард Амелин из UBC, составила первую полную геномную последовательность гриба Grosmannia clavigera. Этот гриб играет ключевую роль в процессе заражения горным сосновым лубоедом.
«Ключ к лучшей готовности к будущим кризисам здоровья лесов, таким как нынешняя эпидемия горного соснового лубоеда, лежит в лучшем понимании трёх основных игроков — деревьев, короедов и гриба — и их сложных взаимодействий», — сказал Болманн, выдающийся университетский учёный и профессор лабораторий Майкла Смита в UBC.
«Заражение затронуло от 10 до 14 миллионов гектаров сосновых лесов в Британской Колумбии. Мы не можем бороться с врагом, если не знаем, из чего он состоит. Полный геном гриба приближает нас на один шаг к победе в этой битве».
Активируя и подавляя защитные механизмы деревьев, гриб ослабляет их и создаёт идеальную среду для гнездования жуков. Он также окрашивает древесину в синий цвет, делая древесину, поражённую MPB, менее рыночной.
«Это исследование имеет гораздо более широкие научные последствия. То, что мы узнали, собирая черновую последовательность гриба, мы теперь можем применить к секвенированию геномов человека», — говорит Джонс, руководитель отдела биоинформатики в Центре геномных наук BC Cancer Agency. — «Сейчас мы используем этот новый подход для расшифровки раковых опухолей».
«Способность таким образом сочетать методы молекулярной биологии и вычислительные подходы действительно помогает утвердить Британскую Колумбию в качестве одной из ведущих юрисдикций в области геномных наук».
Источник: University of British Columbia