Вычислительный метод Sailfish ускоряет анализ экспрессии генов в десятки раз
Исследователи из Университета Карнеги-Меллона и Университета Мэриленда разработали новый вычислительный метод Sailfish, который в 20–30 раз ускоряет оценку активности генов на основе данных RNA-seq (секвенирования РНК).
Суть метода
- Традиционные методы требуют трудоёмкого поэтапного картирования коротких последовательностей РНК («ридов») к их исходным позициям в геноме. Этот процесс может занимать много часов на один эксперимент.
- Sailfish обходит этап картирования. Вместо этого он использует статистический подход, распределяя части ридов между разными типами молекул РНК, как если бы каждый рид отдавал несколько «голосов» за ту или иную молекулу.
Преимущества
- Скорость: Анализ, занимавший ранее часы, выполняется за несколько минут.
- Точность: Точность метода равна или превышает точность предыдущих подходов.
- Устойчивость: Метод более устойчив к ошибкам в ридах или индивидуальным различиям геномов, которые могут мешать картированию. Sailfish использует информацию со всех ридов, что повышает точность оценок.
Значение
Анализ экспрессии генов критически важен для фундаментальных исследований и медицины (например, в онкологии). Ускорение обработки данных RNA-seq открывает возможности для масштабного переанализа огромных существующих массивов данных в свете новых открытий. Как отметил Карл Кингсфорд, с Sailfish «исследователи получают всё то же, что и от предыдущих методов, но быстрее».
Отчёт о методе опубликован 20 апреля в журнале Nature Biotechnology.