Метод одновременного изучения малых РНК бактерий и клеток хозяина выявляет изменения в их транскриптомах

Исследователи из Германии, Австрии и США разработали технику, позволяющую одновременно изучать малые РНК бактерий и организма-хозяина во время инфекции. Этот подход выявил изменения в транскрипционных профилях обоих участников взаимодействия. Работа опубликована в журнале Nature.

Новый подход к изучению инфекций

Большинство предыдущих исследований инфекционных процессов фокусировались либо на матричных РНК (mRNA) бактерий, либо на mRNA хозяина. Новый метод, названный dual RNA-seq, позволяет анализировать их одновременно, давая более полную картину ранних и поздних стадий заражения.

Исследование на модели Salmonella

Метод был применён для изучения инфекции человеческой клеточной линии бактерией Salmonella. Учёные сконцентрировались на малой РНК PinT, которая активируется при начале заражения. Оказалось, что PinT не только регулирует гены S. enterica, но и влияет на транскрипционные паттерны хозяина. Это приводит к изменениям в длинных некодирующих РНК и активации сигнальных путей в клетках человека.

Суть метода dual RNA-seq

Техника включает флуоресцентную метку бактерий для идентификации инфицированных частей клеток хозяина. Она позволяет отслеживать транскрипты, представляющие как mRNA, так и некодирующие РНК обоих организмов по мере развития инфекции, предоставляя беспрецедентный обзор процесса.

Исследование также показало, как незначительные изменения в процессе заражения могут распространяться на системы хозяина, потенциально приводя к разным исходам инфекции.