Учёные разработали метод для комплексного анализа протеома
Исследователи из Института медицинских исследований Бернхема расшифровали значительную часть общего белкового состава (протеома) дрожжей Schizosaccharomyces pombe.
Лоуренс Брилл, Хатере Мотамедчабоки и ведущий исследователь Дитер Вольф разработали новый метод, который позволил идентифицировать 4600 белков в этом организме, используя ряд сложных методик. Исследование было опубликовано онлайн 9 марта в журнале Methods.
«Анализ протеома организма говорит нам гораздо больше, чем простой анализ последовательности ДНК», — заявил доктор Вольф. — «Анализ протеома даёт нам снимок того, какие белки экспрессируются в клетке в любой данный момент времени. Это может показать, как экспрессия белка меняется в ответ на определённые стимулы и при заболеваниях, что может помочь выявить новые биомаркеры болезней».
Разработанный метод включал:
- Переваривание белков на более мелкие пептиды.
- Разделение пептидов по электростатическому заряду с использованием сильной анионообменной хроматографии.
- Дальнейшее разделение по молекулярной массе с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии (HPLC).
- Детектирование и идентификацию каждого отдельного пептида с помощью масс-спектрометрии и анализа баз данных.
Анализ ДНК генома дрожжей предсказывает 5027 белков. Команда идентифицировала 4600 белков, что составляет почти весь протеом. Оставшиеся 400 белков экспрессируются только в период спаривания S. pombe.
S. pombe часто используется как модельный организм для изучения ответа на повреждение ДНК и её репарации, деления клеток, стрессовых реакций и других аспектов клеточной биологии.