Как препринт о «более заразном штамме» коронавируса изменился после рецензирования
5 мая 2020 года появились новости о предположительно более заразном варианте SARS-CoV-2, основанные на препринте на сервере bioRxiv. В нём утверждалось, что вариант вируса с мутацией D614G в спайк-белке «более трансмиссивный» и представляет «срочную проблему». Однако позже эти утверждения подверглись критике.
2 июля журнал Cell опубликовал рецензированную версию статьи с дополнительными экспериментальными и клиническими данными. Новые данные указывают, что вариант D614G может быть более инфекционным, но авторы заключают, что мы всё ещё не можем быть уверены, делает ли он вирус более трансмиссивным или вызывает более тяжёлое заболевание.
Ключевые изменения в статье:
- Географический анализ: В финальной статье анализ распространения варианта G614 был более детальным (уровень стран, штатов, городов). Исследователи добавили даты ограничений на передвижение, чтобы показать, что вариант G часто продолжал распространяться и после их введения, что снижает вероятность объяснения его успеха только повторным завозом. Для анализа использовалось около 30 000 последовательностей SARS-CoV-2 против примерно 6 000 на момент публикации препринта.
- Клинические данные: Были добавлены данные по 999 пациентам из Великобритании (против 470 в препринте). Они показали, что у пациентов с вариантом G был более высокий уровень вирусной РНК (что иногда коррелирует с вирусной нагрузкой), но не было разницы в исходах госпитализации.
- Экспериментальные данные: В статью включены результаты двух независимых экспериментов in vitro из лабораторий Эрики Оллманн Сафайр (Институт иммунологии Ла-Хойи) и Дэвида Монтефиори (Университет Дьюка). Искусственно созданные вирусные частицы с мутацией G614 были примерно в 3-6 раз более инфекционными для человеческих клеток в чашке Петри, чем частицы с исходным вариантом D614.
- Данные по нейтрализации антителами: Лаборатория Сафайр показала, что антитела переболевших COVID-19 пациентов из Сан-Диего так же эффективно нейтрализовали оба варианта (D и G). Это говорит, что разрабатываемые методы лечения и вакцины, нацеленные на спайк-белок, могут оставаться эффективными против этого варианта.
Важные оговорки учёных:
- Инфекционность vs. Трансмиссивность: Ведущий автор Бетти Корбер подчёркивает, что повышенная инфекционность in vitro не обязательно означает повышенную трансмиссивность (способность передаваться от человека к человеку) в реальных условиях.
- Ограничения экспериментов: Дэвид Монтефиори отмечает, что в экспериментах использовались не «дикие» вирусы, а искусственно созданные, и не изучались клетки дыхательной системы — естественной мишени вируса.
- Влияние на пандемию: Вирусолог Натан Грубо (не входивший в команду Корбер) в своём превью к статье в Cell указывает, что, хотя G614 теперь является доминирующей формой в мире, нет доказательств, что эта мутация существенно изменила течение пандемии, сделала инфекции опаснее или требует изменения мер контроля.
Ценность препринта:
Авторы довольны, что опубликовали препринт, так как это ускорило исследования варианта D614G и привлекло к нему внимание научного сообщества. Как отметила Эрика Оллманн Сафайр, вычислительный анализ последовательностей всегда быстрее экспериментов «в пробирке», и подобные инструменты мониторинга мутаций критически важны для быстрой реакции на потенциальные угрозы эффективности лекарств и вакцин.