Японские учёные разработали новый метод изучения глубоководных офиур

Впервые для офиур создана технология метабаркодирования. Японские учёные под руководством доктора Масанори Оканиши из Университета Хиросима Сюдо и Токийского университета проанализировали экологическую ДНК (eDNA), выделяемую морскими беспозвоночными в воду, и успешно идентифицировали целевые виды. Исследование опубликовано в Metabarcoding and Metagenomics.

Метабаркодирование позволяет исследователям легко и быстро идентифицировать виды и определять их количество в заданном месте на основе экологической ДНК (то есть ДНК, попавшей, например, в воду конкретного озера).

В Японии этот метод успешно применялся для определения количества видов в конкретных морских локациях путём отбора пробы объёмом всего в одно ведро воды. Мониторинг видов — часть усилий по сохранению биологических ресурсов и поддержанию их экономической ценности. Метабаркодирование может использоваться как менее трудоёмкий и более экономичный инструмент для морских исследований биоразнообразия.

Новое исследование сообщает о разработке командой первых ДНК-праймеров для метабаркодирования офиур. Офиуры — самый многочисленный вид в типе Иглокожих (примерно 2100 видов), что делает их перспективными организмами-индикаторами для метабаркодирования экологической ДНК. Считается, что эти морские беспозвоночные выделяют большое количество eDNA из-за своего размера, крупных популяций и обитания в различных условиях морского дна.

Чтобы определить происхождение последовательностей ДНК, полученных из проб и использованных для метабаркодирования, команда Оканиши создала базу данных референсных последовательностей ДНК на основе образцов, идентифицированных как 60 видов офиур из залива Сагами.

До сих пор метабаркодирование не использовалось для малоподвижных организмов, таких как офиуры, поскольку многие референсные последовательности ДНК были ошибочно идентифицированы или не идентифицированы вовсе. Новая база данных поможет дальнейшим исследованиям и применению технологии.

«Если метабаркодирование станет возможным благодаря разработке дополнительных праймеров и более полных баз данных референсных последовательностей ДНК, появится возможность мониторить морскую среду с точностью, ранее немыслимой», — говорят авторы.