Ученые создали новый стандартный геном для широко изучаемого червя

Новое исследование под руководством Корнеллского университета показало, что геном широко исследуемого червя, на котором основаны бесчисленные научные работы, был несовершенен. Теперь новая последовательность генома исправит это и повысит точность будущих исследований.

В качестве стандартного генома для изучения генетики организма Caenorhabditis elegans десятилетиями использовался штамм N2. Однако со временем, из-за самостоятельного культивирования этого штамма в разных лабораториях, возникло множество его генетических вариантов.

"За последнее десятилетие ученые с тревогой обнаружили, что больше не существует единого лабораторного штамма, который все использовали", — отметил Эрих Шварц, старший автор нового исследования в Genome Research.

Ученые создали новый генетически чистый стандартный штамм VC2010, где все особи действительно идентичны. При его секвенировании с использованием современных технологий исследователи обнаружили, что в оригинальном геноме N2 отсутствовало около 2 миллионов нуклеотидов (2% генома), вероятно, из-за ограничений старых методов.

"Это показывает нам, что получить истинную полную ДНК животного не так просто, как мы думали", — сказал Шварц.

Новый стандартный геном важен для повышения точности исследований с C. elegans, который является ключевой моделью для изучения генной функции, старения и болезней человека. Проблема несовершенных стандартных геномов, вероятно, существует и для других организмов, включая человека, что имеет значение для синтетической биологии.