Oxford Nanopore представляет портативный секвенатор MinION
Компания Oxford Nanopore Technologies (Великобритания) представила недорогой секвенатор генома MinION, основанный на нанопоровой технологии, о создании которого было объявлено два года назад.
Технология и принцип работы
- Секвенирование основано на протягивании одиночных цепочек ДНК через нанопору.
- При прохождении каждой пары оснований измеряется её проводимость, что позволяет компьютеру идентифицировать основание.
- Теоретически, метод позволяет секвенировать цепи любой длины.
Текущий статус и тестирование
- Устройство пока не поступило в продажу. Компания предоставляет прототипы избранным исследователям за предоплату в $1000.
- MinION размером с пачку жвачки подключается к USB-порту компьютера, который выполняет обработку данных.
- Вместе с устройством поставляются образцы ДНК для обучения.
- Дэвид Джаффе из Broad Institute, протестировавший устройство, сообщил о смешанных результатах: в некоторых случаях были получены длинные и корректные участки данных, в других — присутствовали ошибки. Для сборки полного генома бактерии ему пришлось дополнительно использовать секвенатор другой компании.
- Разработчики уверяют, что уровень ошибок можно снизить с помощью специальных методик, параллельно ведётся улучшение самого устройства.
Перспективы
- Если уровень ошибок удастся снизить до приемлемого уровня, MinION может стать переломным устройством для полевых исследований благодаря портативности.
- Компания описывает устройство как «недорогое» и «доступное», что указывает на его потенциально значительно более низкую стоимость по сравнению с существующими на рынке секвенаторами.