Генетическое исследование подтверждает чистоту мексиканского волка
Генетические исследования играют всё более важную роль в принятии решений по сохранению исчезающих видов. Яркий пример — мексиканский волк (Canis lupus baileyi), один из 43 видов, находящихся под угрозой исчезновения в Аризоне.
С конца 1970-х годов, когда популяция в дикой природе сократилась до семи особей, действует программа разведения в неволе. Это вызвало вопрос о генетической чистоте подвида: не скрещивался ли он на пути к почти полному исчезновению с домашними собаками?
Боб Фитак, выпускник Университета Аризоны, и его коллеги провели масштабное исследование, чтобы это выяснить. Ранее анализ был затруднён малым числом изученных особей (менее 10). В новой работе учёные генотипировали 87 мексиканских волков, включая представителей всех трёх исходных линий разведения в неволе, их смеси и волков, рождённых в дикой природе.
Исследование, опубликованное в Journal of Heredity под названием "Genome-Wide Analysis of SNPs Is Consistent With No Domestic Dog Ancestry in the Endangered Mexican Wolf", впервые применило для анализа мексиканского волка метод genome enabling. Это позволило использовать геномные данные домашних собак для изучения волков.
Ключевым инструментом стали SNP-чипы, анализирующие однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs). В отличие от предыдущих работ, изучавших около двух десятков биомаркеров, Фитак смог исследовать более 172 000 SNPs по всему геному.
Результаты исследования:
Глобальное происхождение (среднее по всему геному): мексиканские волки имеют в среднем всего 0.06% общего происхождения с домашними собаками. Это указывает на отсутствие биологически значимого вклада от собак. 98.9% генома мексиканского волка уникальны для этого подвида.
Локальное происхождение (на уровне конкретных хромосом): в среднем 7.8% генома содержали фрагменты, которые могли происходить от домашних собак.
Чтобы проверить, являются ли эти 7.8% артефактом или следствием древней гибридизации, учёные смоделировали, как выглядел бы геном волка при гибридизации 2, 20 или 200 поколений назад, а также при её полном отсутствии. Наблюдаемые данные совпали с моделью отсутствия гибридизации между мексиканскими волками и домашними собаками.
Это исследование, предоставившее самые обширные на сегодня публично доступные генетические данные по мексиканскому волку, подтвердило генетическую чистоту подвида, что критически важно для программ его сохранения и восстановления.