LncExpDB: База данных экспрессии длинных некодирующих РНК человека

Исследователи из Пекинского института геномики Китайской академии наук создали базу данных экспрессии длинных некодирующих РНК (lncRNA) человека — LncExpDB. Исследование опубликовано в журнале Nucleic Acids Research.

Геном человека транскрибирует большое количество lncRNA, которые активно участвуют в различных биологических процессах и развитии заболеваний человека. Благодаря развитию технологий высокопроизводительного секвенирования идентифицированы сотни тысяч человеческих lncRNA, но лишь небольшая их часть охарактеризована функционально.

Поскольку данные RNA-seq являются наиболее прямым доказательством для выявления потенциальных функций lncRNA в различных биологических условиях, необходима специализированная база данных, которая бы комплексно интегрировала профили экспрессии и систематически характеризовала особенности экспрессии человеческих lncRNA.

Для этой цели была разработана база данных экспрессии LncExpDB.

На основе комплексной интеграции и строгой курации LncExpDB в настоящее время содержит профили экспрессии 101 293 высококачественных генов lncRNA человека, полученные из 1 977 образцов 337 биологических условий в девяти биологических контекстах:

• нормальная ткань/клеточная линия,
• раковая ткань/клеточная линия,
• субклеточная локализация,
• экзосома,
• клеточная дифференцировка,
• преимплантационный эмбрион,
• развитие органов,
• циркадный ритм,
• вирусная инфекция.

LncExpDB оценивает надежность экспрессии и экспрессионные возможности генов lncRNA, идентифицирует 25 191 характерный ген и дополнительно определяет 28 443 865 взаимодействий lncRNA–mRNA.

Кроме того, LncExpDB оснащена удобными веб-интерфейсами, которые позволяют интерактивно визуализировать профили экспрессии в различных условиях и легко исследовать характерные lncRNA и их партнеров по взаимодействию в конкретных контекстах.

Эта база данных отличается комплексной интеграцией и курацией профилей экспрессии lncRNA и послужит фундаментальным ресурсом для функциональных исследований человеческих lncRNA.