GLoPro: новый метод для изучения белков, управляющих транскрипцией генов

Исследователи представили новый метод GLoPro (genomic locus proteomics) для изоляции и идентификации белков, связанных с конкретными участками генома. Этот подход преодолевает ограничения традиционных методов, таких как хроматин-иммунопреципитация (ChIP), и позволяет получить более полную картину белкового окружения гена.

Суть метода

• Основа: Метод использует "неактивную" (дефектную) версию белка Cas9 (dCas9), слитую с ферментом APEX2. Этот гибридный белок назван CASPEX.
• Принцип работы: С помощью направляющих РНК система CRISPR доставляет CASPEX к целевому участку генома. По команде фермент APEX2 метит близлежащие белки биотином.
• Анализ: Помеченные биотином белки затем извлекаются и анализируются с помощью масс-спектрометрии.

Результаты и перспективы

В исследовании, опубликованном в Nature Methods, команда успешно применила GLoPro для анализа белков, связанных с промоторами генов hTERT и MYC в клеточных линиях. Метод показал свою эффективность и потенциальную универсальность для изучения белкового состава любого локуса генома.

GLoPro открывает путь к более глубокому пониманию сложной координации белков во время транскрипции генов.