FloChIP: новый инструмент для оптимизации исследований регуляции генов

Белки в клетке часто взаимодействуют напрямую с ДНК, регулируя экспрессию генов. Для этого белки должны проникнуть в ядро, где ДНК плотно упакована в хроматин, формирующий хромосомы. Изучение этих взаимодействий — ключ к пониманию важнейших клеточных функций и заболеваний.

Для этого биологи используют метод хроматин-иммунопреципитации (ChIP), обычно в сочетании с секвенированием (ChIP-seq). С его помощью, используя антитела к целевому белку, можно «вытянуть» и идентифицировать участки ДНК, с которыми он связан. Однако с момента изобретения в 2007 году метод остаётся трудоёмким, малопроизводительным и чувствительным к ручным манипуляциям.

Учёные из Института биоинженерии EPFL под руководством Барта Депланке разработали новый подход — FloChIP. Он основан на микрофлюидике — технологии точного управления жидкостями в микрочипах с каналами.

FloChIP использует микрофлюидику для автоматизации и упрощения рабочего процесса ChIP. В статье, опубликованной в PNAS, показано, что система является высокомодульной, может выполнять несколько анализов ChIP-seq одновременно с высокой воспроизводимостью, что продемонстрировано как для гистоновых меток, так и для факторов транскрипции.

«Благодаря своей экономической эффективности, пропускной способности и универсальности мы считаем, что FloChIP станет ценным дополнением к существующим инструментам для изучения биологии хроматина и взаимодействий белок-ДНК», — говорит первый автор исследования Риккардо Дайнезе.

«С этой новой технологией истинная автоматизация такого сложного анализа, как ChIP, становится достижимой, — добавляет Депланке. — Это, надеемся, ускорит использование хроматин-связанных белков в качестве высокоинформативных диагностических показателей для широкого спектра заболеваний, включая рак».