GenPlay: удобный анализатор геномов для биологов

Ученые из Медицинского колледжа Альберта Эйнштейна разработали настольный анализатор и браузер геномов GenPlay. Эта программа позволяет биологам быстро и легко анализировать данные высокопроизводительного секвенирования. Описание открытого программного обеспечения опубликовано 19 мая в онлайн-издании журнала Bioinformatics.

Цель разработки: Создать удобный многоцелевой инструмент для самих биологов, который поможет им визуализировать, анализировать и преобразовывать сырые данные в биологически значимые "треки". Сейчас такие данные анализируют в основном специалисты по информатике, а не авторы экспериментов.

Контекст: Стоимость секвенирования резко упала — с $7 млрд за первый геном человека до менее $10 000 сегодня, а в ближайшие годы ожидается снижение до $1000. Это привело к "лавине данных", с анализом которых у биологов возникают трудности.

Ключевое преимущество GenPlay: Программа предоставляет биологам полный контроль над данными, предлагая непрерывную визуальную обратную связь и чрезвычайно быстрый просмотр на каждом этапе анализа.

Типы обрабатываемых данных:

• Данные исследований экспрессии генов
• Эпигенетические данные
• Данные о однонуклеотидных полиморфизмах (SNP)

Доступность: Бесплатное ПО доступно на сайте www.genplay.net. Исходный код — по адресу genplay.einstein.yu.edu/svn/GenPlay.

Финансирование: Проект поддержан организацией New York State Stem Cell Science (NYSTEM).