Разработано ПО GenoSIGHT для «умных» микроскопов
Синтетические биологи из Института биоинформатики Виргинии (Virginia Bioinformatics Institute) в Виргинском политехническом институте (Virginia Tech) разработали новый подход к решению старых проблем в визуализации клеток.
С помощью нового программного обеспечения GenoSIGHT учёные создали «умный» микроскоп, способный делать покадровую съёмку клеток, которую иначе было бы сложно зафиксировать.
«GenoSIGHT — одна из самых полезных программ, которые мы разрабатывали, — сказал профессор института Жан Пекку. — Теперь мы за день проводим эксперименты, на которые раньше уходила большая часть недели. Одна из самых популярных функций GenoSIGHT — отправка оператору SMS-сообщения, если эксперимент проваливается, например, из-за гибели клеток. Это позволяет быстро перезагрузить систему вместо того, чтобы тратить день на сбор бесполезных данных».
Важно точно измерять, как функционируют клетки и как со временем меняется экспрессия определённых генов при воздействии лекарства. GenoSIGHT позволяет операторам запрограммировать микроскоп на изменение условий съёмки на основе активности самих клеток.
Обычно операторы тратят много времени на поиск подходящих условий в серии случайных экспериментов, которые могут не обеспечить правильного наблюдения за клеточным ответом.
«GenoSIGHT анализирует изображения в реальном времени, сразу после их захвата, — сказал ведущий разработчик GenoSIGHT Дэвид Болл. — Информация, извлечённая из изображений, может использоваться для автоматического выбора лучших полей зрения, изменения интервала между двумя снимками или смены питательной среды».
«Подобные достижения в управляемом моделью сборе данных помогут учёным понять различные клеточные функции, а также то, как и когда определённые функции могут нарушаться, вызывая такие болезни, как рак, — отметил заслуженный профессор биологических наук Джон Тайсон. — Программа оказалась незаменимой в нашем проекте по системной биологии по изучению сети, контролирующей деление клеток. Она также будет полезна в синтетической биологии для характеристики функции BioBricks и других биологических частей».
GenoSIGHT был описан в недавней статье в PLoS ONE. Программа выпущена с открытым исходным кодом под лицензией Apache 2.0. Исходный код доступен на SourceForge.