Новый алгоритм показывает экспрессию генов с микроскопическим разрешением

Новый метод Seq-Scope, разработанный исследователями из Мичиганского университета, позволяет анализировать экспрессию генов с субмикрометровым пространственным разрешением (для сравнения: ширина человеческого волоса — 20–200 микрометров). Метод был впервые описан в Cell в 2021 году.

Команда усовершенствовала Seq-Scope, сделав его более универсальным, масштабируемым и доступным (опубликовано в Nature Protocols). Стоимость анализа упала с более чем 10000 * *допримерно * *500.

Также был создан алгоритм FICTURE для анализа высокодетальных пространственных данных от Seq-Scope и других технологий (опубликован в Nature Methods).

Как это работает:

• Исследователи «взламывают» машины для секвенирования ДНК, чтобы они профилировали пространственно разрешенные транскриптомы.
• Традиционные методы не позволяют понять огромные наборы данных (десятки тысяч генов в миллионах клеток) на микроскопическом уровне.
• FICTURE анализирует массивные объемы данных, объединяя информацию из окружающих областей для точного вывода на микрометровом уровне. Это позволяет без искажений видеть, где расположены клеточные транскрипты.

Результат: метод генерирует невероятно детальные изображения тканей и клеток. Например, с помощью FICTURE можно наблюдать, как в эмбрионе мыши клетки-предшественники (миобласты) дифференцируются в длинные поперечно-полосатые мышечные волокна.

Технология вызвала большой интерес научного сообщества и компаний. Advanced Genomics Core Мичиганского университета помогает оптимизировать использование секвенаторов и сделать метод доступным для широкого круга лабораторий.