Сравнение 4.7 млн последовательностей мтДНК показало надежность GenBank для идентификации животных

Анализ более 4.7 миллионов последовательностей животной ДНК из базы данных GenBank, основного инструмента для сравнения, выявил, что ошибки в идентификации животных встречаются реже, чем предполагалось, — менее чем в 1% случаев.

Контекст проблемы

• Надежность данных в GenBank, виртуальной библиотеке Национального центра биотехнологической информации США (NIH), ранее ставилась под сомнение.
• Ученые Смитсоновского института, планируя использовать GenBank для мониторинга здоровья коралловых рифов по образцам ДНК из морской воды, решили проверить ее точность.

Ключевые выводы исследования

• Низкий уровень ошибок: Общая доля последовательностей с неверными названиями рода, семейства, отряда, класса или типа составила менее 1%.
• Источники ошибок: Исследователи выявили проблемные группы животных и потенциальные причины ошибок, такие как:
  • Неверная маркировка образцов.
  • Загрязнение ДНК человека, грызунов, лабораторных животных, пищи, комаров, домашних питомцев (собак и кошек).
  • Технические ошибки при загрузке данных (например, выбор неверного вида из выпадающего списка).

Значение результатов

• Подтверждение надежности: GenBank является надежным инструментом для идентификации источников ДНК.
• Поддержка новых методов: Результаты поддерживают широкое применение быстрых и недорогих ДНК-подходов для оценки биоразнообразия, мониторинга последствий глобальных изменений и эффективности природоохранных мер.

Исследование проведено учеными Смитсоновского института тропических исследований (STRI) и Национального музея естественной истории (NMNH) совместно с коллегами из Academia Sinica и Университета Джорджа Вашингтона. Опубликовано в Proceedings of the National Academy of Sciences.