Недорогой метод генотипирования набирает популярность
Метод Genotyping-by-sequencing (GBS), разработанный в Корнеллском университете, делает передовую геномику доступнее. Менее чем через год после публикации его уже применяют для исследований разнообразных видов: хмеля, лисы, газонной травы, кукурузы, коровы, томата и малины.
Протокол GBS, опубликованный в мае 2011 года в журнале PLoS One, позволяет исследователям получать огромные массивы генетических данных. Выявление различий в ДНК отдельных особей — это первый шаг к пониманию генетической основы их внешних или поведенческих отличий.
От других столь же мощных методов GBS отличает, в частности, более низкая стоимость. Один цент позволяет получить около 50 000 точек данных, что в 50 раз дешевле альтернативных методов.
"Финансирование генетических исследований в сельском хозяйстве всегда отставало от финансирования генетики человека", — отметил разработчик метода Роб Элшайр. — "GBS — это технология, которая открывает возможности, приоткрывая дверь для многих недостаточно финансируемых областей исследований".
Экономическая эффективность — сильный аргумент в пользу метода, но он также был спроектирован так, чтобы быть проще и надежнее других методов типирования ДНК.
"Разрабатывая GBS, мы... исключили как можно больше этапов", — пояснил Элшайр.
Метод позволяет собрать данные по 384 особям в одной полосе секвенирования, используя протокол всего из четырех основных шагов от ДНК до данных. Благодаря этой эффективности GBS может генерировать достаточно данных для диссертации, программы селекции или экологического исследования за несколько недель.
"GBS может генерировать терабайты данных", — сказала Шэрон Митчелл, соавтор статьи в PLoS One. — "Чтобы помочь пользователям, мы провели несколько семинаров, в основном посвященных анализу данных и практике работы с ним".
Интерес к GBS растет как снежный ком. Чтобы удовлетворить ежедневный спрос на информацию и помощь пользователям метода, нанимают дополнительный персонал. Почти через год после публикации статья остается в топ-10 самых просматриваемых статей по геномике в PLoS One.
Семинар 16-17 февраля в кампусе, например, был заполнен до отказа и привлек участников — в основном селекционеров растений, генетиков, зоотехников и эволюционных биологов — из таких отдаленных мест, как Новая Зеландия.
"Наиболее привлекательный аспект GBS — это то, что он производит десятки или сотни тысяч генетических маркеров", — сказала Митчелл. — "Большинство селекционеров растений и животных заинтересованы в использовании этого изобилия маркеров, чтобы значительно ускорить процесс селекции".
Чтобы удовлетворить постоянный спрос на обучение, запись семинара скоро будет доступна на сайте Института геномного разнообразия (IGD), а в предстоящем году семинары планируется провести в Индии и Африке.