Ускорение разработки фаговой терапии с помощью нового геномного инструментария

Международная группа экспертов представила мощный и гибкий бесплатный онлайн-инструментарий для ускоренной разработки фаговой терапии в борьбе с устойчивыми к антибиотикам инфекциями.

Бактериофаги (фаги) — вирусы, избирательно поражающие и уничтожающие бактерии, — рассматриваются как перспективная альтернатива антибиотикам. Новый инструмент Sphae, разработанный в Университете Флиндерс, позволяет оценить пригодность фага для целевой терапии менее чем за 10 минут.

Ключевые особенности Sphae:

  • Интеграция технологий: объединяет высокопроизводительное секвенирование с продвинутыми вычислительными конвейерами для эффективного анализа больших и сложных наборов данных.
  • Приоритет безопасности: помечает гены, связанные с токсинами или нежелательными признаками, чтобы в терапевтическое использование продвигались только самые безопасные кандидаты.
  • Адаптивность и масштабируемость: поддерживает широкий спектр технологий секвенирования и может обрабатывать массивные наборы данных в средах высокопроизводительных вычислений.
  • Эффективность: обрабатывает несколько геномов фагов одновременно, экономя время и обеспечивая точные результаты даже в смешанных или сложных наборах данных.

Контекст проблемы:

По данным ООН и ВОЗ, инфекции, устойчивые к антибиотикам, становятся всё более распространёнными. Глобальное исследование в The Lancet прогнозирует, что потенциальная смертность от антибиотикорезистентности может превысить 2 миллиона человек в год, а к 2050 году совокупное число смертей достигнет более 39 миллионов, если срочно не будут найдены альтернативы.

Перспективы:

Инициативы по созданию банков фагов для распространённых патогенов (Achromobacter, Acinetobacter, Stenotrophomonas) являются частью глобальных усилий по масштабированию исследований новых антибактериальных методов лечения. По словам профессора Роберта Эдвардса, со-директора группы FAME, когда обычные антибиотики перестают действовать, персонализированная фаговая терапия может стать стандартной медицинской практикой, упрощая и ускоряя поиск терапевтических фагов, подходящих для конкретной инфекции пациента.