Новые методы анализа ДНК открывают невидимые почвенные бактерии и кандидаты в антибиотики
Большинство видов бактерий невозможно вырастить в лаборатории, что оставляет их терапевтический потенциал неиспользованным. Учёные из Лаборатории генетически кодируемых малых молекул Рокфеллеровского университета разработали метод обхода этой проблемы, который может оживить поиск новых антибиотиков.
Метод включает:
- Извлечение длинных последовательностей ДНК напрямую из почвы.
- Сборку геномов с помощью длинночитаемого секвенирования.
- Использование биоинформатики для предсказания функций генов и синтеза потенциальных молекул.
В исследовании, опубликованном в Nature Biotechnology, этим методом уже обнаружены:
- Сотни никогда не виданных ранее геномов от неизученных видов бактерий («микробная тёмная материя»).
- Два перспективных кандидата в антибиотики, включая один широкого спектра действия.
Значение работы:
- Решена ключевая проблема 150-летней давности: как изучать некультивируемые микроорганизмы.
- Создан парадигматический подход, превращающий геномные данные в реальные, потенциально полезные молекулы.
- Открытия выходят за рамки медицины, помогая понять роль бактерий в климате, сельском хозяйстве и биогеохимических циклах.
Как отмечает руководитель лаборатории Шон Ф. Брэди, это лишь «верхушка айсберга» — метод открывает новую эру открытий в микробиологии.