BRB-seq: Быстрое и дешёвое будущее секвенирования РНК

Секвенирование РНК — это метод анализа целых геномов через изучение экспрессии их генов. Такие полногеномные анализы стали стандартным инструментом благодаря доступности высокопроизводительных технологий.

Однако метод остаётся дорогим и трудоёмким из-за дорогой подготовки полной геномной библиотеки (пула ДНК, полученной из РНК клеток) и сложности анализа данных. Это ограничивает его широкое применение.

Новые подходы, такие как "мультиплексирование" или "штрихкодирование" образцов из революции в одноклеточной транскриптомике, позволяют добавлять уникальные "штрихкоды" к каждому фрагменту ДНК. Это позволяет анализировать множество образцов в рамках одной библиотеки, снижая стоимость и время.

Проблема оставалась в адаптации и валидации таких протоколов для надёжного и дешёвого анализа "объёмных" образцов РНК (bulk RNA), то есть транскриптомов клеток или тканей.

Учёные из лаборатории Барта Депланека в Институте биоинженерии EPFL разработали новый метод Bulk RNA Barcoding and sequencing (BRB-seq).

Ключевые преимущества BRB-seq:

• Стоимость: В 25 раз дешевле коммерческой технологии TruSeq от Illumina.
• Скорость: Позволяет подготовить готовые к секвенированию библиотеки для до 192 образцов за день, при этом "ручная" работа занимает всего 2 часа.
• Качество: Сохраняет strand-specificity (информацию о направлении транскрипции) и обнаруживает то же количество генов, что и "золотой стандарт" TruSeq Stranded mRNA, при той же глубине секвенирования.
• Надёжность: Даёт надёжные данные даже при работе с низкокачественной РНК.
• Доступность: Стоимость полногеномного анализа сравнима с профилированием всего четырёх генов с помощью стандартного, но низкопроизводительного метода RT-qPCR.

Метод дополнен удобным конвейером для предобработки и анализа данных, что позволяет получить результаты в течение одного дня.

"С момента публикации с нами связались десятки лабораторий и компаний, чтобы внедрить BRB-seq", — говорит Барт Депланек. — "Благодаря низкой стоимости исследователи поняли, что могут анализировать гораздо больше образцов в рамках того же бюджета, значительно расширяя масштаб и воспроизводимость экспериментов. Мы ожидаем, что BRB-seq или аналогичный подход со временем станет стандартом в любой молекулярной лаборатории и заменит RT-qPCR в качестве первого выбора для профилирования экспрессии генов".