BitSeq — самый точный метод анализа экспрессии генов

Метод анализа данных RNA-sequencing BitSeq, разработанный группой академического исследователя Антти Хонкелы и учёными из Манчестерского университета, признан самым точным для оценки экспрессии транскриптов генов в крупном международном исследовании. Метод основан на вероятностном моделировании, которое учитывает неопределённость измерений.

RNA-sequencing позволяет измерять экспрессию генов человека и других организмов. Этот метод стал очень популярен в биомедицинских исследованиях и начинает применяться в клинической практике. В отличие от предыдущих методов, он позволяет изучать альтернативные изоформы или транскрипты генов, образующиеся, например, в процессе альтернативного сплайсинга.

Анализ огромных массивов данных RNA-sequencing требует сложных вычислительных методов. Особенно трудоёмок анализ на уровне транскриптов, и различия между альтернативными методами могут быть значительными.

В ходе оценки метод BitSeq показал явно наиболее надёжные результаты. В одной из подзадач он обеспечил такую же точность, используя лишь половину данных, необходимых очень популярному альтернативному методу.

«Метод BitSeq основан на вероятностном моделировании, которое позволяет сравнивать различные возможные источники наблюдаемых последовательностей, которые нельзя однозначно идентифицировать. Это даёт возможность вычислять распределения вероятностей для уровней экспрессии каждого транскрипта каждого гена, учитывая неопределённость и возможные источники ошибок в измерениях. Учёт этой неопределённости через вероятности критически важен для точности метода», — поясняет Антти Хонкела.